Người anh Nguyễn Sinh Khiêm đi cùng với ông Sắc. Sau khi cha đi, Nguyễn Sinh Cung vẫn ở Huế với mẹ. Cuối năm 1900, bà Hoàng Thị Loan sinh người con thứ tư. Vì ông Sắc đi vắng, bà lại thiếu sữa phải cho con đi bú nhờ nên bà con gọi đùa là Xin. Nhưng Xin quá yếu, đã mất sau một thời gian.
Do đuối sức, bà Hoàng Thị Loan lâm bệnh nặng. Tuy được bà con nhiệt tình giúp đỡ, nhưng do bệnh quá nặng nên bà Loan đã qua đời tại Huế vào ngày 22 tháng 12 năm Canh Tý, tức ngày 10-2-1901. Bà đã được những người láng giềng thân thiết lo việc mai táng, vì lúc này ông Nguyễn Sinh Sắc sau khi coi thi ở Thanh Hóa đã trở về Kim Liên và đang ở quê nhà.
Bà là một phụ nữ cần cù lao động, đảm đang, hết lòng thương yêu, chăm sóc chồng con. Bà được học hành ít nhiều, nên thường ru con bằng những câu thơ trong truyện Kiều hay những bài dân ca quen thuộc ở quê hương. Lời hát ru được nghe từ thuở ấu thơ in đậm trong tâm trí Hổ Chí Minh suốt cuộc đời. Sau này, ở xa quê trong lúc hoạt động ở Xiêm (Thái Lan) vào những năm 1928-1929, nghe tiếng mẹ ru con, Thầu Chín (tên của Bác Hò lúc bấy giờ) không khỏi bùi ngùi tưởng nhớ đến mẹ và lời ru của mẹ. Bác nói:
“Xa nhớ chốc mấy mươi niên.
Tới qua nghe giọng mẹ hiền ru con!"
Đối với Sinh Cung, mẹ là một kho truyện cổ tích, truyện Kiều và ca dao, dân ca. Mẹ thường dạy hai anh em cậu những câu dễ nhớ: “Đói cho sạch, rách cho thơm; Thương người như thể thương thân; Có công mài sắt, có ngày nên kim…”
Trong tuổi thiếu niên của mình, đây là lần chịu tang lớn nhất. Tết năm đó một mình bé bỏng trong tang thương hương khói, hoa huệ trên bàn thờ, trên mộ mẹ, ấn tượng đó khắc sâu trong tâm khảm Người trong suốt cuộc đời.
Sau khi mẹ mất, Nguyễn Sinh Cung được ông Nguyễn Sinh Sắc đưa về Nghệ An, gửi sang bà ngoại chăm sóc.